基本的に↓の要約です。
- Rのインストール (R 3.3.3 for widows)
- 私の場合は昔入れた古いRがあったので、これをまずアンインストールしました。
- その後、https://cran.ism.ac.jp/ から
- Download R for Windows → base
- ここで普通は一番上のインストーラへのリンクをクリックしますが、後述するRtoolsのバージョンの関係で、一つ前のバージョンをインストールしました。
- 下の方の Previous releases から R3.3.3 を選択しダウンロード。
- インストーラは、すべてデフォルト設定で。
- Rをインストールした実感を得る
- 言うまでもなく本項は省略可能です。
- R x64 3.3.3 を起動する。コンソール画面が出てくる。
- http://d.hatena.ne.jp/isseing333/20100515/1273928356
- ↑こちらのサイトにある「set.seed(1)」から始まる部分をコピーして、コンソール画面に貼り付ける。
- グラフが出てきて、おおおっとなる。
- Rを終了する。workspaceの保存はどちらでも。
- Rtoolsのインストール (Rtools 3.3)
- Windows用のRのツールチェイン。MinGWなどが含まれます。導入する意味が分からないまま、言われるままにインストール。（おそらく、StanにC++コンパイラが必要だからではないかと予想）
- https://cran.ism.ac.jp/ へ戻り、Rtoolsへ。
- インストールしたRとコンパチでFrozenされているバージョンをダウンロード。
- インストーラは、ほとんどデフォルト設定ですが、環境変数PATHの更新のところだけチェックを入れます。（デフォルトでチェックが入っていないのが謎）
- 1GB近くデータをインストールされます。気長に待ちます。
- （余談ですが、RtoolsはC:\直下にフォルダを作ってインストールします。気持ち悪いと思いつつもターゲットパスは変えませんでしたが、気持ち悪いですね）
- Rtoolsが適切にインストールされたか確認します。以下はR上での確認ですがコマンドプロンプト等でやっても同じはずです。
- Rを再起動
- > Sys.getenv("PATH") →RtoolsがPATHに含まれていればOK
- > system('g++ -v') →インストールしたgccが呼び出されていればOK（gcc 4.6.3でした）
- > system('where make') →同上
- コンパイラ周りの設定 (任意)
- 元サイトでは「やらなくて良い」とありますが、原文だと「強く推奨する」とあったのでやっておきました。やっていることは、コンパイラオプションを最適化したり、推奨されるワーニングオプションを設定したり、といったもの。設定ファイルを作成（編集）しているだけです。
- https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Installing-RStan-on-Windows#configuration にある、dotRから始まる８行と、cat('Sys.から始まる３行と、cat("\nCXXFLAGSから始まる２行とを、それぞれRコンソールにコピペするだけ。
- RStudioのインストール (RStudio 1.0.143)
- RのIDE環境。必要なのか分かりませんが、勧められるままに入れました。
- https://www.rstudio.com/products/rstudio/ からダウンロード＆インストール。
- RStanパッケージのインストール (RStan 2.15.1)
- Rを起動し、コンソールに以下をコピペ。
- > install.packages('rstan', repos='https://cloud.r-project.org/', dependencies=TRUE)
- BH, Rcpp, RUnit, ggplot2などもインストールされます。
- RStanが動作することを確認します。4行目以下は一例。
- > library(rstan)
- > rstan_options(auto_write = TRUE)
- > options(mc.cores = parallel::detectCores())
- > sf <- stan_demo("pump") →ダウンロードに関する選択は１を。
- > pairs(sf, pars=c("alpha","beta"))
- それっぽいグラフが出てきます。
0 件のコメント:
コメントを投稿